En tal caso tienes dos opciones. O ponerte una tirita tipo Compeed hasta que con el uso la costura deje de molestar, o ablandar la trasera de la zapatilla. Masajea la zona, písala para que se ablande y, a una mala, martillea suavemente sobre la costura.
Lo de poner algún tipo de almohadillado sería mi ultima opción.